Un novedoso procesador acelera el análisis del genoma en Reino Unido

29 Oct, 2015, 13:29 GMT de Edico Genome

The Genome Analysis Centre (TGAC) es el primer instituto de Reino Unido en desplegar un nuevo procesador bioinformático denominado DRAGEN™, que reduce de forma importante los tiempos de funcionamiento de la gama genómica, pasando de horas a solo unos minutos. Esta colaboración entre Edico Genome y TGAC ha resultado en la primera adaptación de la tecnología DRAGEN para el análisis de los genomas no humanos como parte del esfuerzo del instituto dedicada a la secuencia del ADN de una planta, animal y especie microbial para la promoción de una bioeconomía sostenible.

NORWICH, Inglaterra y SAN DIEGO, 29 de octubre de 2015 /PRNewswire/ -- La infraestructura de computación de alto rendimiento (HPC) de TGAC se beneficiará de la adición de DRAGEN™, de Edico Genome, primer procesador mundial diseñado para analizar las tareas de datos de secuenciación específicas. DRAGEN se va a usar para acelerar los flujos de trabajo de secuenciación de próxima generación de TGAC.

Logo - http://photos.prnewswire.com/prnh/20140716/127788

Las evaluaciones iniciales de DRAGEN han demostrado que el mapeo frente al genoma de fresno fue 177 veces más rápido por núcleo de procesamiento que los sistemas locales HPC de TGAC, necesitando tan solo de 7 minutos en lugar de tres horas en uno de los sets de datos más grandes. La alineación funciona en el genoma del arroz que necesita de unas dos horas en los servidores HPC de TGAC, pasando a tan solo tres minutos usando DRAGEN.

El proyecto liderado por el doctor Tim Stitt, responsable de Computación Científica de TGAC, explicó: "Estamos muy emocionados de ser el primer cliente de DRAGEN de Edico Genome en Reino Unido, y esperamos novedosamente la utilización de esta revolucionaria tecnología para el avance de nuestra misión de cara a la promoción de una bioeconomía sostenible y el mantenimiento de la seguridad de los alimentos en Reino Unido".

"En particular, estamos muy interesados en ver cómo DRAGEN gestiona el genoma del trigo, que es cinco veces más grande que el genoma humano y mucho más complejo. El trigo es la esencia de la dieta para el 35% de la población mundial, que está previsto aumente hasta los 9.000 millones de personas en el año 2050".

"Si conocemos los bloques de construcción del genoma del trigo y su diversidad, podremos informar mejor a los panaderos sobre cómo mejorar su rendimiento, sobre todo dentro de los sectores donde el trigo es propenso a enfermar y secarse. Obviamente, cuanto antes lo hagamos mejor será, y DRAGEN nos puede ayudar en gran forma en esta misión".

"La alineación frente a los genomas de referencia es una tarea fundamental llevada a cabo de forma diaria a través de los investigadores TGAC. Gracias a nuestra asociación con Edico Genome, el sistema DRAGEN contendrá el genoma y las gamas de análisis de transcriptoma altamente optimizadas".

"TGAC se enorgullece de ser un líder dentro del suministro de tecnologías nuevas y disruptivas y ponerlas en las manos de la comunidad de la biociencia, además de nuestra colaboración con Edico Genome, que sigue ilustrando nuestro liderazgo en este área".

El procesador DRAGEN Bio-IT está integrado en una tarjeta PCIe, estando disponible en un servidor preconfigurado, que permite la integración perfecta en los flujos de trabajo bioinformáticos. DRAGEN es completamente configurable, usando un abanico de puerta de campo programable (FPGA) para suministrar implementaciones de hardware aceleradas de la conversión BCL, compresión, mapeo, alineación, ordenación, creación de duplicados, llamada de variantes de haplotipo y genotipificación conjunta.

El sistema DRAGEN es mucho más rápido que las aproximaciones tradicionales que ejecutan implementaciones de algoritmo en el software. En un reciente estudio publicado en Genome Medicine, DRAGEN aceleró un análisis del genoma completo, pasando de 22,5 horas a solo 41 minutos, al tiempo que consiguió además la sensitividad y capacidad específica de un 99,5%. Las ganancias de eficacia similar podrían tener un impacto enorme gracias al rendimiento más elevado en los datos genómicos procesados en TGAC, donde la alineación de la secuencia es vital para numerosos proyectos de secuenciación.

"Nuestra colaboración con TGAC, una destacada marca de genómica que es el hogar de una de las instalaciones de hardware de computación más grandes de Europa, es un gran ejemplo de los beneficios de DRAGEN para los centros de secuenciación", indicó Pieter van Rooyen, Ph.D., consejero delegado de Edico Genome. "Estamos impacientes por continuar trabajando con los investigadores y médicos de todo el mundo que necesitan analizar los datos de secuenciación de próxima generación de forma rápida y con un coste contenido sin comprometer la precisión".

Notas para los redactores

  1. Las modificaciones de hardware se desarrollaron por medio de los ingenieros de Edico Genome basándose en las pruebas en casa que usaron sets de datos proporcionados por TGAC. Estas pruebas permitieron la adaptación de canales para gestionar estos sets de datos no humanos.
  2. La tecnología DRAGEN ha demostrado analizar con precisión más de 50 genomas humanos completos (desde FASTQ hasta VCF) en menos de un día. TGAC planea incorporar este sistema dentro de la plataforma existente HPC como recurso dentro del sistema de envío de lotes.

Acerca de TGAC

The Genome Analysis Centre (TGAC) es un instituto de investigación centrado en la aplicación de genómica y bioinformática de última tecnología para el avance de la investigación en plantas, animales y  nivel microbial de cara a la promoción de una bioeconomía sostenible. TGAC es un centro para bioinformática  innovadora fundado en la investigación, análisis e interpretación de múltiples sets de datos complejos. TGAC hospeda  una de las mayores instalaciones de hardware de computación dedicada a la investigación de las ciencias de la vida en Europa.

Acerca de Edico Genome

Edico Genome ha creado el primer procesador mundial bioinformático diseñado para analizar los datos de secuenciación de próxima generación, DRAGEN™. El uso de la secuenciación de próxima generación está creciendo a un ritmo sin precedentes, creando una necesidad para una tecnología que puede procesar estos grandes datos de forma rápida y precisa. La plataforma de computación de  Edico Genome ha demostrado acelerar todos los análisis de datos del genoma completo, que pasan de horas a minutos, al tiempo que mantiene su elevada precisión y reduce los costes, permitiendo a los médicos e investigadores revelar las respuestas de forma más rápida. Si desea más información visite la página web www.EdicoGenome.com o siga @EdicoGenome.


 

FUENTE Edico Genome



Enlaces relacionados

http://www.edicogenome.com