Un processeur exceptionnel accélère l'analyse des génomes au Royaume-Uni

28 Octobre, 2015, 21:55 GMT de Edico Genome

The Genome Analysis Centre (TGAC) est le premier institut du Royaume-Uni à déployer un nouveau processeur bioinformatique appelé DRAGEN™, qui réduit considérablement les durées de traitement des pipelines génomiques de quelques heures à quelques minutes. Cette collaboration entre Edico Genome et TGAC a permis la première adaptation de la technologie DRAGEN en faveur de l'analyse de génomes non humains, dans le cadre des efforts de l'Institut visant à séquencer l'ADN des espèces végétales, animales et microbiennes afin de promouvoir une bio-économie durable.

NORWICH, Angleterre et SAN DIEGO, le 28 octobre 2015 /PRNewswire/ -- L'infrastructure d'informatique haute performance (IHP) de TGAC bénéficiera de l'ajout de DRAGEN™ d'Edico Genome, premier processeur au monde conçu pour analyser les tâches spécifiques de séquençage des données. DRAGEN sera utilisé afin d'accélérer les flux de travail de séquençage de prochaine génération de TGAC.

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Les évaluations initiales de DRAGEN ont démontré que la modélisation du génome du frêne était 177 fois plus rapide par noyau de traitement que les systèmes IHP locaux de TGAC, ne nécessitant que 7 minutes au lieu de 3 heures sur l'un des plus grands ensembles de données. Le processus d'alignement sur le génome du riz, qui nécessite environ deux heures sur les serveurs IHP de TGAC, n'a duré que trois minutes en utilisant DRAGEN.

Le Dr Tim Stitt, directeur du projet et responsable de l'informatique scientifique chez TGAC, a déclaré : « Nous sommes particulièrement ravis d'être le premier client du produit DRAGEN de Edico Genome au Royaume-Uni, et sommes extrêmement impatients d'utiliser cette technologie révolutionnaire pour faire progresser notre mission consistant à promouvoir une bio-économie durable et à maintenir la sécurité alimentaire au Royaume-Uni.

« Plus particulièrement, nous sommes véritablement impatients de découvrir comment DRAGEN traite le génome du blé, qui est cinq fois plus volumineux que le génome humain et bien plus complexe. Le blé constitue l'aliment de base de plus de 35 pour cent de la population mondiale, qui devrait augmenter pour atteindre 9 milliards de personnes d'ici 2050.

« En comprenant les composantes génomiques de base du blé, ainsi que sa diversité, nous sommes en mesure de mieux informer les agriculteurs sur la manière d'améliorer leurs rendements, notamment dans les zones où le blé est sensible aux maladies et à la sécheresse. Il paraît évident que le plus tôt sera le mieux, et que DRAGEN nous aidera grandement dans cette mission.

« L'alignement par rapport aux génomes de référence constitue une tâche fondamentale entreprise quotidiennement par les chercheurs TGAC. Grâce à notre partenariat avec Edico Genome, notre système DRAGEN contiendra des pipelines d'analyse hautement optimisés à la fois pour les génomes et les transcriptomes.

« TGAC est fière d'être leader dans l'offre de nouvelles technologies révolutionnaires en faveur de la communauté des biosciences, et notre collaboration avec Edico Genome continue d'illustrer notre leadership dans ce domaine. »

Intégré à une carte PCIe, le processeur Bio-IT DRAGEN est disponible dans un serveur préconfiguré, permettant une intégration fluide dans les flux de travail de bioinformatique. DRAGEN est extrêmement reconfigurable, utilisant une matrice pré-diffusée programmable par l'utilisateur (FPGA) destinée à permettre des mises en œuvre matériellement accélérées de conversion de BCL, de compression, de modélisation, d'alignement, de classement, de marquage en double, d'appel de variantes d'haplotypes, et de génotypage conjoint.

Le système DRAGEN est donc bien plus rapide que les approches traditionnelles qui exécutent des mises en œuvre algorithmiques dans les logiciels. Dans une récente étude publiée dans Genome Medicine, DRAGEN a permis d'accélérer l'analyse d'un génome entier, passant de 22,5 heures à 41 minutes, tout en obtenant une sensibilité et une spécificité de 99,5 pour cent. Des gains d'efficience similaires pourraient avoir un impact considérable en raison de la cadence élevée des données génomiques traitées chez TGAC, où l'alignement de séquences constitue un élément essentiel pour de nombreux projets de séquençage.

« Notre collaboration avec TGAC, géant du secteur de la génomique qui héberge l'une des installations de matériel informatique les plus importantes d'Europe, illustre parfaitement les avantages offerts par DRAGEN en faveur des centres de séquençage, » a déclaré Pieter van Rooyen, Ph.D., président-directeur général de Edico Genome. « Nous sommes impatients de poursuivre nos travaux aux côtés des chercheurs et des cliniciens du monde entier ayant besoin d'analyser rapidement des données de séquençage de nouvelle génération de manière rentable, sans compromettre la précision. »

Note aux éditeurs

  1. Les modifications de matériel ont été effectuées par les ingénieurs de Edico Genome à partir des tests sur site, et en utilisant les ensembles de données fournis par TGAC. Ces tests ont permis d'adapter les pipelines afin de gérer ces ensembles de données non humains.
  2. La technologie DRAGEN s'est révélée capable d'analyser de manière précise plus de 50 génomes humains entiers (du FASTQ au VCF) en moins d'une journée. TGAC prévoit d'intégrer le système dans la plateforme IHP existante en tant que ressource au sein du système de dépôt de lots.

À propos de TGAC

The Genome Analysis Centre (TGAC) est un institut de recherche spécialisé dans l'application de la génomique et de la bioinformatique de pointe afin de faire progresser la recherche sur les plantes, les animaux et les microbes, et de promouvoir une bio-économie durable. TGAC est une plateforme destinée à la bioinformatique innovante, qui s'appuie sur la recherche, les analyses et l'interprétation d'ensembles de données multiples et complexes. TGAC abrite l'une des plus grandes installations de matériel informatique axées sur la recherche en sciences de la vie en Europe.

À propos d'Edico Genome

Edico Genome a créé le premier processeur bioinformatique au monde conçu pour analyser les données de séquençage de prochaine génération, DRAGEN™. L'utilisation du séquençage de prochaine génération connaît une croissance sans précédent, qui crée un besoin en technologies capables de traiter de manière rapide et précise ces données volumineuses. La plateforme informatique de Edico Genome s'est révélée capable d'accélérer l'analyse des données de génomes entiers de quelques heures en quelques minutes, tout en maintenant une précision élevée et en réduisant les coûts, permettant aux cliniciens et aux chercheurs de révéler des réponses plus rapidement. Pour en savoir plus, rendez-vous sur www.EdicoGenome.com ou suivez-nous sur @EdicoGenome.

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SOURCE Edico Genome



Liens connexes

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