SUNY Downstate und MetaCell lancieren ein grafisches Tool zur Modellierung, Simulation und Analyse des neuronalen Netzes
CAMBRIDGE, Mass., 20. Oktober 2020 /PRNewswire/ --
Hintergrund
Die Entschlüsselung der Geheimnisse des Gehirns ist eine der größten Herausforderungen für die Menschheit im 21. Jahrhundert. Sie wird wahrscheinlich tiefgreifende und umwälzende Auswirkungen sowohl in der Medizin als auch in der Technologie mit sich bringen. Obwohl immer mehr neurowissenschaftlichen Daten gesammelt werden, hinkt die Entwicklung von Ansätzen, um diese zu interpretieren und daraus aussagekräftige Erkenntnisse zu gewinnen, jedoch hinterher. Daher erfreuen sich leistungsstarke neue Gehirnmodellierungs-Tools, die auf molekularer und zellulärer Ebene und auf der Ebene des neuronalen Netzes miteinander verknüpfen, wie z.B. das NetPyNE-Tool von SUNY Downstate, unter Neurowissenschaftlern zunehmender Beliebtheit.
Was ist NetPyNE
NetPyNE („Netzwerke, die Python und NEURON einsetzen") ist ein Projekt, das vom National Institute for Biomedical Imaging and Bioengineering am NIH (U24 Subvention), der National Science Foundation (E-CAS Subvention) und dem New York State Department of Health (SCIRB Subvention) gefördert wird. NetPyNE bietet eine grafische Benutzeroberfläche und setzt eine benutzerfreundliche, klare Sprache ein, um die Eigenschaften von Molekülen, Neuronen und dem neuronalen Netz zu definieren. Modelle können ganz einfach anhand experimenteller Daten validiert werden. Das Besondere an der Software ist, dass sie es Studenten und Wissenschaftlern ohne Programmierkenntnisse ermöglicht, anspruchsvolle Gehirnmodelle zu erstellen. NetPyNE ermöglicht auch die Durchführung paralleler Simulationen auf Supercomputern und bietet eine Vielzahl von Möglichkeiten zur Visualisierung und Analyse der resultierenden Ergebnisse, z. B. Konnektivitätsmatrizen, Spannungsverläufe, Spike-Raster-Plots, lokale Feldpotenziale und Messungen zur Informationsübertragung.
Die neue NetPyNE GUI
Die neueste Version der NetPyNE GUI (0.6.0), in Zusammenarbeit mit MetaCell entwickelt - einem führenden Softwareunternehmen mit Fachkompetenz in den Bereichen Computational Neuroscience, Molekularbiologie, Data Science, und Enterprise-Grade-Online-Software-Entwicklung - bietet zahlreiche Verbesserungen, die es Forschern ermöglichen, alle Programmierarbeiten, die sie normalerweise machen würden, direkt von einer modernen und einfach zu bedienenden grafischen Oberfläche auszuführen. Über die webbasierte GUI können Anwender intuitiv ihre Netzmodelle definieren, Zellen und Netze in 3D visualisieren, Simulationen durchführen sowie Daten visualisieren und analysieren. Die GUI enthält eine innovative, interaktive Python-Konsole, die mit dem zugrundeliegenden Python-basierten Modell synchronisiert ist. Dadurch wird es unglaublich einfach, zwischen der Code-Eingabe und der GUI-Domäne hin und her zu gehen.
Ressourcen
Website von NetPyNE | NetPyNE GUI | NetPyNE Tutorials | NetPyNE GitHub
Salvador Durá-Bernal, Assistenzprofessor an der SUNY Downstate Health Sciences University kommentierte: „Wir freuen uns, dass die Community von NetPyNE-Nutzern so schnell wächst. Unser oberstes Ziel ist es, dieses Tool so benutzerfreundlich zu gestalten, dass es auch von Leuten genutzt werden kann, die keine Computerfachleute sind. Die neue GUI, die mit unserem Partner MetaCell entwickelt wurde, ist wirklich eindrucksvoll. Sie wird den anhaltenden Erfolg und eine breite Akzeptanz des Tools fördern."
Matteo Cantarelli, CTO und einer der Gründer von MetaCell äußerte sich: „MetaCell teilt die Vision von SUNY und dem NetPyNE-Team, die neuronalen Kodierungsmechanismen des Gehirns zu entschlüsseln, etwas, das weitreichende Anwendungen haben kann, einschließlich der Entwicklung von Behandlungen für Hirnerkrankungen. Forscher, die die Vorteile der neuen NetPyNE-GUI nutzen, werden Tausende von parallelen Simulationen durchführen können, um zu untersuchen, wie sich eine Reihe von Parametern auf das neuronale Netz auswirken."
Foto - https://mma.prnewswire.com/media/1313748/MetaCell_SUNY_Downstate_GUI_NetPyNE.jpg
Kontakt
MetaCell: www.metacell.us | [email protected] | @metacell | +1 (347) 878 3679 | +44 (0)7450 948685
Artikel teilen