Zymo Research uvádí open-source bioinformatický kanál pro detekci variant SARS-CoV-2 v odpadní vodě
Brzké uvedení bioinformatického kanálu Virsieve™ podpoří spolupráci v enviromentálním výzkumu SARS-CoV-2
IRVINE, Kalifornie, 12. května 2021 /PRNewswire/ -- Společnost Zymo Research zprostředkovala komunitě enviromentální mikrobiologie zdrojový kód bioinformatického kanálu Virsieve™ Bioinformatics Pipeline, aby podpořila globální spolupráci a podporu detekce variant SARS-CoV-2 v odpadních vodách. Virsieve™ je automatizovaný výpočetní kanál, který analyzuje sekvenční čtení z viru SARS-CoV-2 ve vzorcích odpadních vod, aby lépe porozuměl virovým variantám přítomným ve sledovaných komunitách. Hodnocením intervalu spolehlivosti pozorovaných virových mutací má software potenciál významně zvýšit přesnost analýzy jakýchkoli změn virového genetického materiálu.
Podle center pro kontrolu a prevenci nemocí má nasazení očkovacích látek obrovský pozitivní dopad na omezení pandemie SARS-CoV-2 v USA, ale stále se objevují nové virové kmeny. Některé z těchto kmenů, např. B.1.1.7, jsou klasifikovány jako „znepokojující varianty" z důvodu zvýšeného šíření, patogenity nebo odolnosti proti vakcíně. Next-gen sekvenování odpadních vod se objevuje jako nejschůdnější řešení pro sledování komunity v téměř reálném čase.
Sekvenování virů z odpadních vod je obtížné kvůli fragmentaci a degradaci virové RNA, což často vede k chybám v sekvenování, které se nakonec projevují jako falešné mutace. VirSieve™ může identifikovat tyto falešné varianty a označit je jako málo spolehlivé či úplně nespolehlivé, což umožňuje výzkumníkům filtrovat mutace s vyšším stupněm podpory. Společnost Zymo Research také poskytuje DNA/RNA Shield™, což je činidlo, které chrání virovou RNA před další degradací po inaktivaci jakéhokoliv viru pro bezpečné shromažďování a přepravu vzorků odpadních vod při okolní teplotě.
„Společnost Zymo Research již dříve vyvinula veřejné softwarové nástroje, jako je Zymo Research Transmit Program, open-source klient pro odesílání výsledků testů COVID-19 prostřednictvím systému pro podávání zpráv o veřejném zdraví CalREDIE," uvedl Dr. Michael Weinstein, ředitel laboratorních informačních systémů a projektový vedoucí projektu Virsieve™ Pipeline ve společnosti Zymo Research. „Virsieve™ je součástí trvajícího úsilí společnosti Zymo Research o maximální podporu celosvětových protipandemických snah. Domníváme se, že kanál Virasieve™ má pro budoucí úsilí v oblasti veřejného zdraví potenciál být využit nejen ke sledování variant kmenů viru SARS-CoV-2 v odpadních vodách, ale i jiných virů."
„Získání přesných variant z klinických vzorků nebo odpadních vod je klíčem k řádnému umístění virového kmene do kontextu všech ostatních virových variant a k podávání informací o průběhu trasování patogenů," sdělil Dr. Christopher Mason, placený mluvčí pro Zymo Research, spoluředitel kvantitativně-prediktivního insitutu WorldQuant Institute for Quantitative Prediction a profesor fyziologie a biofyziky na Weill Cornell Medicine.
Další informace o Virsieve™ Pipeline najdete na stránkách Zymo Research nebo můžete společnost kontaktovat e-mailem na [email protected].
O společnosti Zymo Research Corp.
Zymo Research je soukromá společnost, která od roku 1994 slouží vědecké a diagnostické komunitě špičkovými nástroji molekulární biologie. Jejím mottem, které se odráží ve všech jejích produktech od epigenetiky po DNA/RNA purifikační technologie, je: „Krása vědy tkví v její schopnosti zjednodušovat věci". Společnost Zymo Research, která je historicky uznávána jako přední společnost v oboru epigenetiky, překonává hranice díky novým řešením pro sběr vzorků, mikrobiomická měření, diagnostická zařízení a NGS technologie, které jsou vysoce kvalitní a snadno použitelné. Sledujte Zymo Research na Facebooku, LinkedIn, Twitteru, a Instagramu.
Další informace o produktech společnosti Zymo Research COVID-19 naleznete na následujících odkazech:
- Zymo Research Releases Free Software to Streamline COVID-19 Test Reporting
- Zymo Research Obtains CE IVD Mark for its Quick SARS-CoV-2 Multiplex Kit
- Zymo Research Obtains Emergency Use Authorization from FDA for Their Quick SARS-CoV-2 rRT-PCR Kit
- Zymo Research Receives CE IVD Mark for its Quick-DNA/RNA™ Viral MagBead Kit
- Zymo Research Launches COVID-19 Sequencing Service for the Detection and Surveillance of Emerging SARS-CoV-2 Variants
- Zymo Research Offers Community-Wide SARS-CoV-2 Detection and Variant Tracking with the Environ™ COVID-19 Wastewater Testing Service
- Zymo Research Receives 510(k) Clearance for its Collection/Transport Device for COVID-19
Foto - https://mma.prnewswire.com/media/1507133/Wastewater_PR_data_on_computer_2000x1111px.jpg
Logo - https://mma.prnewswire.com/media/364743/Zymo_Research_Corp_Logo.jpg
Share this article