Oxford Nanopore annonce avoir conclu un contrat non exclusif avec Caribou Biosciences portant sur l'enrichissement CRISPR-Cas9 pour le séquençage par nanopores
- La technologie permet un séquençage ciblé pour une analyse ADN rapide et précise sur des séquenceurs portables ou à grande échelle -
OXFORD, Angleterre, 19 septembre 2019 /PRNewswire/ -- Oxford Nanopore et Caribou Biosciences, Inc. ont conclu un contrat de licence non exclusif selon lequel Caribou a accordé à Oxford Nanopore une licence mondiale, non exclusive en vertu de la propriété intellectuelle fondamentale CRISPR-Cas9 contrôlée par Caribou pour le séquençage par nanopores.
« La technique Cas9 va permettre aux utilisateurs de sélectionner et d'isoler les régions du génome qui les intéressent le plus, notamment celles auxquelles les méthodes actuelles n'ont pas accès, qui seront prêtes pour une analyse rapide effectuée avec notre technologie de séquençage en temps réel et à lectures longues », a déclaré le Dr Gordon Sanghera, PDG d'Oxford Nanopore.
« La totalité du processus de préparation de la bibliothèque prend moins de deux heures. Combiné à notre séquenceur portable MinION, cela pourrait pour la première fois ouvrir la voie à des tests rapides, proches de l'échantillon. »
Une approche rapide, flexible et ciblée
L'enrichissement induit par CRISPR-Cas9 pour le séquençage par nanopores permet un séquençage rapide, simple, flexible et ciblé de longues régions d'intérêts, sans besoin d'amplification. Des longueurs de lecture supérieures à 100 Kb ont été observées à ce jour. La technique ouvre des régions du génome qui n'étaient auparavant accessibles qu'avec un séquençage à longues lectures du génome entier, ce qui réduit considérablement le coût, la sortie de données et le délai d'exécution.
La méthode est appropriée pour caractériser les expansions de répétition, les SNV et les SV, tout en conservant le statut de méthylation de la molécule native. Des informations à ce sujet sont fournies en standard avec le dernier logiciel d'appel de base. Elle peut également servir à séquencer simultanément plusieurs cibles, ce qui permet aux utilisateurs d'élaborer leurs propres panneaux de séquençage ou de parcourir des régions plus vastes.
De nombreuses équipes ont déjà utilisé cette approche avec succès. Oxford Nanopore prévoit de sortir un kit de séquençage Cas9 dans le courant de l'année. Pour l'instant, les chercheurs peuvent avoir accès à un protocole et à un tutoriel de bioinformatique.
Caractérisation rapide de régions difficiles
Timothy Gilpatrick et son équipe ont démontré la capacité d'enrichissement Cas9 et du séquençage par nanopores à lectures longues pour caractériser en détail les gènes des facteurs de cancer. L'enrichissement de plusieurs centaines de loci cibles a permis l'identification de grandes variantes structurelles connues, de SNP et de modèles de méthylation différentielle dans les gènes ayant des implications pronostiques dans le cancer du sein.
L'enrichissement Cas9 avec le séquençage d'Oxford Nanopore permet aux scientifiques de séquencer de manière rentable des régions ciblées auparavant inaccessibles ; notamment l'expansion de répétition, la méthylation, la séquence présentant une faible complexité et les grandes régions de variation structurelle. Ceci pourrait avoir un impact substantiel, en particulier pour la recherche clinique et la validation des modifications du génome.
Contact : Zoe McDougall, [email protected]
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