Le séquençage du génome entier permet de détecter de manière fiable les maladies neurologiques héréditaires les plus courantes et a été adopté par les services de santé

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- L'étude, menée par l'université Queen Mary de Londres, Illumina, l'University College London et Genomics England, en collaboration avec le NHS England, montre la manière dont le séquençage du génome entier permet d'identifier les maladies neurologiques héréditaires les plus courantes

- Une méthode désormais utilisée de façon routinière comme test unique pour soutenir le diagnostic des troubles neurologiques

- Diagnostic plus rapide possible pour des maladies comme le syndrome du X fragile, la maladie de Huntington et certaines formes de SLA

- WGS identifie les troubles neurologiques chez des patients non diagnostiqués auparavant

LONDRES, 17 février 2022 /PRNewswire/ -- L'étude, publiée aujourd'hui dans The Lancet Neurology, a été menée par l'Université Queen Mary de Londres, Illumina, l'University College de Londres et Genomics England, en collaboration avec le NHS England, et a évalué l'exactitude diagnostique du WGS par rapport au test utilisé comme norme dans l'ensemble du NHS.

Cette étude a évalué le rôle du WGS dans les causes les plus courantes de maladies neurologiques héréditaires qui nécessitent habituellement de multiples tests, un processus qui aboutit à une longue odyssée diagnostique. Ces troubles d'expansion répétés présentent de courtes séquences d'ADN répétitives à l'origine de troubles tels que le syndrome du X fragile (déficience intellectuelle), la maladie de Huntington, l'ataxie de Friedreich (FA) et certaines formes de sclérose latérale amyotrophique (SLA) et de démence du lobe frontal ou frontotemporale (FTD).

L'étude a d'abord analysé la précision du WGS pour détecter les troubles d'expansion répétés en comparant le test actuellement utilisé, la PCR (réaction en chaîne par polymérase), avec le WGS de 404 patients précédemment testés dans le NHS. Les résultats ont mis en évidence que la précision et la sensibilité du WGS dans la détection de ce type d'affections étaient équivalentes à celles des tests PCR.

Ensuite, l'étude a utilisé le WGS de 11 631 personnes non diagnostiquées présentant des caractéristiques cliniques associées à un trouble d'expansion répété et participant au projet 100 000 génomes. Parmi les 68 personnes ayant bénéficié d'un diagnostic, on compte six enfants, dont certains n'avaient pas d'antécédents familiaux de troubles d'expansion répétés et qui n'avaient pas reçu de diagnostic auparavant, notamment une fillette de 10 ans présentant une déficience intellectuelle et un adolescent de 18 ans atteint de démence.

L'étude a démontré qu'un diagnostic plus rapide et plus efficace peut être obtenu par l'analyse du génome entier pour les patients qui n'ont pas reçu auparavant de diagnostic remplaçant plusieurs tests sur des mois ou des années.

En effet, les tests PCR sont souvent spécifiques à un locus, ce qui signifie qu'un seul gène est examiné à chaque fois. Ce processus prend beaucoup de temps et entraîne un sous-diagnostic des personnes présentant des tableaux cliniques atypiques, en particulier les enfants sans antécédents familiaux positifs. En revanche, un seul test WGS peut diagnostiquer de nombreux troubles.

Ces résultats plaident en faveur de l'utilisation du séquençage du génome entier au sein du NHS pour diagnostiquer les patients dont les médecins pensent qu'ils sont atteints d'un trouble d'expansion répété. Les avantages seraient les suivants :

• répondre à un problème de santé non diagnostiqué auparavant ;
• permettre aux proches de savoir que cette maladie génétique est présente dans la famille ;
• avoir une meilleure compréhension de la fréquence d'apparition d'une mutation génétique dans la population ;
• augmenter le nombre d'essais cliniques sur les médicaments et les traitements.

Le professeur Sir Mark Caulfield, de l'Université Queen Mary de Londres et ancien scientifique en chef de Genomics England, a déclaré : « Il s'agit d'une avancée majeure dans l'application des génomes entiers permettant de détecter des troubles neurologiques héréditaires jusqu'alors inattendus. À l'heure actuelle, le diagnostic de ce type de trouble neurologique dépend souvent de l'existence d'antécédents familiaux de la maladie ou de symptômes cliniques spécifiques. Grâce au WGS, nous pouvons détecter ces troubles ainsi que de nouveaux troubles d'expansion répétés. »

Le Dr Arianna Tucci, membre du Medical Research Council Clinician Scientist à la Queen Mary University of London et à l'University College London, a déclaré : « On estime que 1/3000 personnes souffrent de troubles d'expansion répétés. Avant cette étude, on pensait qu'il était difficile de les diagnostiquer en utilisant le séquençage du génome entier. Notre étude valide l'utilisation du séquençage du génome entier, un test génétique nouvellement introduit dans le National Health Service, pour diagnostiquer la forme la plus courante de maladies neurologiques héréditaires. »

Le Dr Richard Scott, médecin en chef de Genomics England, a déclaré : « Il s'agit d'un exemple clair du type d'innovation que nous sommes fiers d'avoir contribué à accélérer et de l'impact que le Royaume-Uni a pu avoir en reliant la recherche aux soins de routine en génomique. Ce travail nous a permis de déployer de nouveaux outils qui peuvent détecter les variations dans le génome qu'un séquençage plus ciblé rate. Cela a déjà mené à des diagnostics et à de meilleurs soins pour les familles atteintes d'une maladie rare dans le cadre du projet 100 000 génomes et est utilisé pour soutenir le diagnostic dans le service de médecine génomique du NHS. »

Le Dr Ryan Taft, vice-président de la recherche scientifique à Illumina, a déclaré : « Cette étude démontre que le séquençage du génome entier peut être utilisé dans les laboratoires cliniques pour le diagnostic de patients atteints d'un trouble neurologique, comme la maladie de Huntington. Pour le grand pourcentage de patients soupçonnés d'avoir des troubles d'expansion répétés qui ne sont toujours pas diagnostiqués, cela devrait apporter l'espoir qu'un diagnostic sera bientôt possible. »

La professeure Dame Sue Hill, directrice scientifique pour l'Angleterre, a déclaré : « Cette recherche a démontré la puissance du séquençage du génome entier pour aider à détecter les affections neurologiques courantes et comment il peut mener à des diagnostics plus rapides et plus précis. Nous voyons déjà les avantages du WGS dans un contexte clinique par l'entremise du service de médecine génomique du NHS, et cette recherche prouve encore plus les avantages de ce type de tests. »

Eileen, une patiente du Ataxia Centre de Londres qui a reçu un diagnostic d'ataxie de Friedreich grâce à l'étude, a déclaré : « L'ataxie de Friedreich m'a enlevé tout ce que j'aimais. Au cours des 15 dernières années, je suis passée d'une personne sûre d'elle, qui aimait danser et se faire des amis, à une personne qui utilise désormais un déambulateur et qui a des difficultés d'élocution. Maintenant, quand je rencontre des gens, je pense immédiatement qu'ils sont peut-être en train de me juger. »

« Avant mon diagnostic, j'ai pensé qu'il serait préférable que j'aie le cancer, car il y a habituellement une voie d'action claire pour vous aider à combattre la maladie. Un diagnostic n'est pas un remède, mais je savais enfin ce qui se passait et je comprenais ce que je devais faire pour retarder l'inévitable le plus longtemps possible. Je fais du Pilates et je travaille avec un entraîneur personnel deux fois par semaine pour maximiser ma force et ma forme physique afin de combattre la progression. Je remercie le London Specialist Ataxia Centre dont le programme de recherche m'a permis d'obtenir un diagnostic génétique définitif qui, autrement, aurait pris de nombreuses années avant d'être établi, voire pas du tout. Je pense qu'il est bénéfique pour les patients atteints de maladies rares de se rendre dans des centres spécialisés où la recherche est en cours. »

« Ce qui est tout aussi important, c'est que mon diagnostic définitif signifiait que ma famille pouvait aussi subir un test génétique. Malheureusement, le centre d'ataxie a pu rapidement confirmer que ma sœur cadette est également atteinte de FRDA et elle fait donc tout son possible pour lutter contre les progressions. »

« Il n'y a actuellement aucun remède pour la FRDA mais j'envisage l'avenir avec beaucoup plus d'optimisme ; j'espère qu'il y aura un traitement dans un avenir pas si lointain. »

Le professeur Patrick Chinnery, directeur clinique au Conseil de recherches médicales, a déclaré : « De nombreux patients atteints de troubles neurologiques ne reçoivent jamais de diagnostic précis. Cette nouvelle étude montre comment le séquençage du génome entier peut relever ce défi grâce à un programme véritablement national, qui permet de diffuser des recherches de classe mondiale aux patients de toute l'Angleterre et d'améliorer leurs soins de santé. »

NOTES À L'INTENTION DES ÉDITEURS

Cette recherche a été financée par le National Institute for Health Research, Wellcome, le Medical Research Council, Cancer Research UK, le Department of Health and Social Care et le NHS England.

À propos de Genomics England (https://www.genomicsengland.co.uk)

Genomics England travaille avec le NHS pour faire progresser l'utilisation des soins et de la recherche en génomique en Grande-Bretagne afin d'aider les gens à vivre plus longtemps et en meilleure santé. La génomique est un domaine révolutionnaire de la médecine qui utilise notre code génétique unique pour aider à diagnostiquer, traiter et prévenir les maladies. Fondée en 2013, Genomics England a lancé le projet mondial 100 000 génomes avec le NHS, démontrant comment les connaissances génomiques peuvent aider les médecins du NHS et jetant les bases de l'avenir en rassemblant un ensemble de données unique. Le projet a été réalisé grâce aux patients et aux participants qui ont aidé à le façonner et à orienter les décisions relatives aux données et à la vie privée.

Genomics England étend maintenant son impact. Notre prochain chapitre consiste à travailler avec les patients, les médecins et les scientifiques pour améliorer les tests génomiques dans le NHS et aider les chercheurs à accéder aux données et aux technologies de santé dont ils ont besoin pour faire de nouvelles découvertes médicales et créer des médicaments plus efficaces et ciblés pour tout le monde.

À propos du projet 100 000 génomes

Le projet 100 000 génomes est un projet du gouvernement britannique désormais achevé, géré par Genomics England, qui a permis de séquencer des génomes entiers de patients du NHS. Le projet s'est concentré sur les maladies rares, certains types de cancer courants et les maladies infectieuses.

Les participants ont donné leur accord pour que les données relatives à leur génome soient associées à des informations sur leur état de santé et leur dossier médical. Les données médicales et génomiques sont partagées avec les chercheurs afin d'améliorer les connaissances sur les causes, les traitements et les soins des maladies.

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