Spoločnosť Zymo Research sprístupňuje zdroj bioinformatických informácií na detekciu variantov SARS-CoV-2 v odpadových vodách
Včasné sprístupnenie zdroja bioinformatických informácií VirSieve™ podporí spoluprácu pri výskume vplyvov SARS-CoV-2 na životné prostredie.
IRVINE, Kalifornia, 12. mája 2021 /PRNewswire/ -- Spoločnosť Zymo Research sprístupnila zdrojový kód k zdroju bioinformatických informácií VirSieve ™ komunite zaoberajúcej sa mikrobiológiou životného prostredia s cieľom podporiť celosvetovú spoluprácu a detekciu variantov SARS-CoV-2 v odpadových vodách. VirSieve™ je automatizovaný výpočtový kanál, ktorý analyzuje sekvenčné čítania z vírusu SARS-CoV-2 vo vzorkách odpadových vôd na lepšie porozumenie vírusovým variantom prítomným v monitorovaných komunitách. Hodnotením intervalu spoľahlivosti pozorovaných vírusových mutácií má softvér potenciál významne zvýšiť presnosť analýzy akýchkoľvek zmien vírusového genetického materiálu.
Podľa Centra pre kontrolu a prevenciu chorôb malo zavedenie vakcín obrovský pozitívny vplyv na potlačenie pandémie SARS-CoV-2 v USA, no napriek tomu sa stále objavujú nové vírusové kmene. Niektoré z týchto kmeňov, napr. B.1.1.7, sú klasifikované ako tzv. varianty vzbudzujúce obavy z dôvodu dôkazov o zvýšenom šírení, patogenite alebo úniku vakcíny. Sekvenovanie odpadových vôd novej generácie sa ukazuje ako najschodnejšie riešenie pre dohľad nad komunitou v reálnom čase.
Vírusové sekvenovanie z odpadových vôd je náročné z dôvodu fragmentácie a degradácie vírusovej RNA, čo často vedie k chybám v sekvenovaní, ktoré sa nakoniec prejavia ako falošné mutácie. VirSieve™ dokáže identifikovať tieto falošné varianty a označiť ich za slabé alebo nespoľahlivé, čo umožňuje výskumníkom filtrovať mutácie s vyšším stupňom podpory. Zymo Research tiež poskytuje činidlo DNA / RNA Shield™, ktoré chráni vírusovú RNA pred ďalšou degradáciou po inaktivácii vírusu pre bezpečný odber a prepravu vzoriek odpadových vôd pri izbovej teplote.
„Spoločnosť Zymo Research už predtým vyvinula verejné softvérové nástroje, ako je Zymo Research Transmit Program, klient s otvoreným zdrojom na odosielanie výsledkov testov COVID-19 prostredníctvom systému hlásenia verejného zdravia CalREDIE," uviedol riaditeľ laboratórnych informačných systémov a vedúci projektu VirSieve™ Pipeline v spoločnosti Zymo Research Dr. Michael Weinstein. „VirSieve™ je súčasťou neustáleho úsilia spoločnosti Zymo Research poskytovať maximálnu podporu snahám riešiť celosvetovú pandémiu. Cítime, že VirSieve ™ má potenciál byť použitý nielen na sledovanie variantných kmeňov vírusu SARS-CoV-2 v odpadových vodách, ale aj iných vírusov v budúcom úsilí v oblasti verejného zdravia."
„Získanie presných variantov z klinických vzoriek alebo splaškových vôd je kľúčom k správnemu umiestneniu vírusového kmeňa v kontexte všetkých ostatných vírusových variantov a informovania o úsilí sledovať patogény," uviedol Dr. Christopher Mason, ktorý je plateným rečníkom spoločnosti Zymo Research a spoluriaditeľom inštitútu WorldQuant pre kvantitatívnu predpoveď, ako aj profesorom fyziológie a biofyziky na inštitúte Weill Cornell Medicine.
Viac informácií o nástroji VirSieve™ nájdete na webových stránkach spoločnosti Zymo Research alebo ju môžete kontaktovať e-mailom na adrese [email protected].
O spoločnosti Zymo Research Corp.
Zymo Research je súkromná spoločnosť, ktorá už od roku 1994 slúži vedeckej a diagnostickej komunite pomocou najmodernejších nástrojov molekulárnej biológie. Jej motto „Krása vedy spočíva v uľahčovaní vecí" sa odráža vo všetkých jej produktoch, a to od epigenetiky až po technológie čistenia DNA/RNA. Spoločnosť Zymo Research, ktorá je historicky uznávaná ako líder v oblasti epigenetiky, prekonáva hranice pomocou nových riešení pre odber vzoriek, mikrobiomické merania, diagnostické prístroje a technológie NGS, ktoré sú vysoko kvalitné a ľahko použiteľné. Sledujte Zymo Research na Facebooku, LinkedIn, Twitteri alebo Instagrame.
Ďalšie informácie o produktoch od spoločnosti Zymo Research týkajúcich sa COVID-19 nájdete na nasledujúcich odkazoch:
- Zymo Research sprístupnila bezplatný softvér na zefektívnenie reportovania testov COVID-19
- Spoločnosť Zymo Research získala označenie CE IVD na prípravok Quick SARS-CoV-2 Multiplex Kit
- Zymo Research získala od FDA povolenie na núdzové použitie prípravku Quick SARS-CoV-2 rRT-PCR
- Spoločnosť Zymo Research získala označenie CE IVD na prípravok Quick-DNA/RNA™ Viral MagBead Kit
- Spoločnosť Zymo Research sprístupnila sekvenačnú službu COVID-19 na detekciu a dohľad nad vznikajúcimi variantmi SARS-CoV-2
- Spoločnosť Zymo Research ponúka detekciu a sledovanie variantov v celej komunite prostredníctvom služby testovania odpadových vôd Environ™ COVID-19.
- Spoločnosť Zymo Research získala 510 tisíc dolárov za zariadenie na zber/prepravu pre COVID-19
Foto - https://mma.prnewswire.com/media/1507133/Wastewater_PR_data_on_computer_2000x1111px.jpg
Logo - https://mma.prnewswire.com/media/364743/Zymo_Research_Corp_Logo.jpg
Share this article